肝細(xì)胞癌相關(guān)差異基因的生物信息學(xué)及預(yù)后分析
摘要：肝細(xì)胞癌是全球癌癥相關(guān)死亡的主要原因,目前對肝細(xì)胞癌的發(fā)病機制研究尚不完善,探索肝細(xì)胞癌發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的分子標(biāo)志物及其預(yù)后具有重要意義。從GEO數(shù)據(jù)庫獲得肝細(xì)胞癌組織和非癌組織的基因表達(dá)陣列數(shù)據(jù)GSE84402,利用GEO2R篩選差異表達(dá)基因;采用DAVID數(shù)據(jù)庫對差異基因進(jìn)行GO富集分析和KEGG通路分析;通過STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構(gòu)建差異表達(dá)基因?qū)?yīng)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),并從網(wǎng)絡(luò)中篩選出核心基因(hub genes);結(jié)合KM plotter數(shù)據(jù)庫的臨床信息對hub genes進(jìn)行預(yù)后分析。結(jié)果顯示:共得到1307個差異表達(dá)基因,其中上調(diào)基因741個,下調(diào)基因566個,這些差異表達(dá)基因主要涉及細(xì)胞分裂、細(xì)胞周期、DNA復(fù)制及物質(zhì)代謝等生物學(xué)過程及生物通路。通過GO、KEGG及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)篩選出BUB1、BUB1B、CCNA2、CCNB1、CCNB2、CDC20、CDK1、MAD2L1、PLK1等9個hub genes,進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)hub genes均與細(xì)胞周期的調(diào)控相關(guān),表明細(xì)胞周期的調(diào)控失常在肝細(xì)胞癌的發(fā)生、發(fā)展過程中具有重要作用。生存分析顯示9個hub genes在肝細(xì)胞癌患者中均為表達(dá)上調(diào)的基因,且與患者預(yù)后不良相關(guān),這為尋找肝細(xì)胞癌患者預(yù)后相關(guān)生物標(biāo)志物的研究提供了線索。
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生命科學(xué)研究雜志
生命科學(xué)研究雜志， 雙月刊，本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向，堅持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進(jìn)性、創(chuàng)新性，刊載內(nèi)容涉及的欄目：專家論壇、細(xì)胞與生理學(xué)、腫瘤機理、經(jīng)濟動植物、生物信息學(xué)、學(xué)術(shù)爭鳴等。于1997年經(jīng)新聞總署批準(zhǔn)的正規(guī)刊物。
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