結(jié)直腸癌組織表達(dá)譜芯片的生物信息學(xué)分析
摘要：目的:探究結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制,并尋找結(jié)直腸癌早期診斷及預(yù)后的生物標(biāo)志物。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫中選取結(jié)直腸癌表達(dá)譜芯片,利用R語言中l(wèi)imma函數(shù)進(jìn)行差異表達(dá)分析,獲取差異表達(dá)基因,使用DAVID6.7將差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG信號(hào)通路分析,使用GEPIA在線工具查看差異基因在TCGA-COAD樣本中的表達(dá)并繪制Kaplan-Meier生存曲線(OS)。結(jié)果:在3個(gè)表達(dá)譜芯片的差異表達(dá)分析結(jié)果中,有148個(gè)相同基因,提示這些基因與結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展具有密切關(guān)系,KEGG信號(hào)通路分析顯示,結(jié)直腸癌組織相比正常組織在氮代謝、醛固酮調(diào)節(jié)鈉重吸收等信號(hào)通路有較為顯著的改變,GEPIA在線工具分析顯示SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1這4個(gè)基因在TCGA-COAD中均為高表達(dá),且SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1分別高表達(dá)的結(jié)腸癌患者生存時(shí)間相較于低表達(dá)的結(jié)腸癌患者明顯縮短。結(jié)論:氮代謝、醛固酮調(diào)節(jié)鈉重吸收等信號(hào)通路的改變是結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展的重要分子機(jī)制,SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1等基因可作為結(jié)直腸癌患者預(yù)后評(píng)估的標(biāo)志物。
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中國現(xiàn)代普通外科進(jìn)展雜志
中國現(xiàn)代普通外科進(jìn)展雜志， 月刊，本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向，堅(jiān)持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進(jìn)性、創(chuàng)新性，刊載內(nèi)容涉及的欄目：基礎(chǔ)研究、臨床論著、短篇報(bào)道、前沿與進(jìn)展、技術(shù)交流、讀者·作者·編者、學(xué)術(shù)講座、病例報(bào)告等。于1998年經(jīng)新聞總署批準(zhǔn)的正規(guī)刊物。
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